สายลับหน่วยชีลด์ต้องเผชิญกับความแตกแยกภายในองค์กรเมื่อนิค ฟิวรีไม่อยู่ และต้องรับมือกับภัยคุกคามใหม่จากกลุ่มไฮดราที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมาอีกครั้ง ฟิล โคลสันและทีมต้องตามหาสิ่งมีชีวิตต่างดาวที่เรียกว่าโอเบลิสก์ ซึ่งเชื่อมโยงกับอดีตอันลึกลับของสกาย ขณะเดียวกันความลับเกี่ยวกับสายเลือดของสกายเริ่มเปิดเผย นำไปสู่การค้นพบเมืองโบราณของชาวครีที่ซ่อนอยู่ใต้ทะเลทราย การต่อสู้เพื่อปกป้องโลกและไขปริศนาอันตรายนี้ทำให้พันธมิตรบางคนต้องกลายเป็นศัตรู
