คัลลัม ลินช์ ถูกจับตัวโดยองค์กรลึกลับที่บังคับให้เขาเข้าสู่เครื่องแอนิมัสเพื่อถอดรหัสความทรงจำทางพันธุกรรมของบรรพบุรุษนักฆ่าในยุคสงครามครูเสด เมื่อค้นพบความจริงเบื้องหลังการต่อสู้ชั่วนิรันดร์ระหว่างอัสแซสซินกับเทมพลาร์ เขาจึงต้องเลือกข้างและต่อสู้เพื่อปกป้องเจตจำนงเสรีของมนุษยชาติ ก่อนที่องค์กรจะใช้ชิ้นส่วนสวรรค์ควบคุมจิตใจคนทั้งโลก