โดราเอมอนพาโนบิตะและเพื่อนๆ ย้อนเวลากลับไปในยุคดึกดำบรรพ์ของญี่ปุ่น หลังจากโนบิตะหนีออกจากบ้านเพราะถูกพ่อแม่ดุ แต่กลับพบว่าดินแดนที่พวกเขาสำรวจกำลังถูกคุกคามโดยเด็กหนุ่มปริศนาที่ชื่อคูคุรุและสัตว์ประหลาดยักษ์จากอนาคต การผจญภัยครั้งนี้จะพาพวกเขาไปค้นพบต้นกำเนิดของตำนานและประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นที่แท้จริง พร้อมกับภารกิจปกป้องโลกใบแรกเริ่มจากการล่มสลาย
