โดราเอมอนพาโนบิตและเพื่อนๆ ออกผจญภัยใต้ท้องทะเลลึกเพื่อตามหาปราสาทลึกลับที่ซ่อนอยู่ใต้สมุทร ที่นั่นพวกเขาพบกับอาณาจักรแห่งหนึ่งที่ถูกคุกคามโดยสัตว์ประหลาดยักษ์ที่ปลุกขึ้นมาจากก้นบึ้งของมหาสมุทร ด้วยของวิเศษจากโดราเอมอน ทั้งลูกโป่งดำน้ำและประตูวิเศษ พวกเขาต้องช่วยเหลือชาวทะเลและไขปริศนาที่ซ่อนอยู่ในปราสาทก่อนที่พลังมืดจะทำลายสมดุลของโลกใต้น้ำ
