ในโลกที่นักเล่นแร่แปรธาตุใช้พลังเปลี่ยนสสารได้ตามต้องการ สองพี่น้องเอ็ดเวิร์ดและอัลฟองส์ต้องสูญเสียร่างกายจากการทดลองต้องห้ามเพื่อชุบชีวิตแม่ เอ็ดเวิร์ดได้แขนกลมาแทนที่ ขณะที่อัลฟองส์ติดอยู่ในชุดเกราะยักษ์ พวกเขาออกตามหาศิลานักปราชญ์เพื่อฟื้นคืนร่างเดิม แต่กลับพบความจริงอันมืดมิดเกี่ยวกับกองทัพและสิ่งมีชีวิตอมตะที่ถูกสร้างขึ้นมา
