เมื่อหน่วยรบจีไอโจถูกหักหลังและถูกกำจัดจนเกือบหมดสิ้นด้วยแผนลับของคอบร้าที่แทรกซึมถึงระดับสูงสุดของรัฐบาล สมาชิกที่รอดชีวิตเพียงไม่กี่คนต้องออกปฏิบัติการใต้ดินเพื่อเปิดโปงความจริงและกอบกู้เกียรติยศของตน ระหว่างทางพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับศัตรูเก่าที่กลับมาพร้อมอาวุธทำลายล้างสูง และต้องร่วมมือกับพันธมิตรที่ไม่คาดคิดเพื่อหยุดยั้งแผนการยึดครองโลกครั้งใหญ่ที่สุดของคอบร้า
