มนุษย์กลุ่มรอดชีวิตจากสงครามกับก็อดซิลล่าต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามครั้งใหม่ เมื่อเมืองที่พังทลายกลายเป็นสนามรบระหว่างมนุษย์ต่างดาวบิลูซาดิโอและราชันย์แห่งสัตว์ประหลาดที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมาอีกครั้ง ฮารูโอะและทีมต้องตัดสินใจครั้งใหญ่ในการใช้เทคโนโลยีสุดท้ายของมนุษย์เพื่อต่อกรกับก็อดซิลล่า แต่กลับพบว่าศัตรูที่แท้จริงอาจซ่อนตัวอยู่ในหมู่พวกเขาเอง การต่อสู้ที่ใกล้ปะทุขึ้นทุกขณะจะเปลี่ยนชะตากรรมของทุกคนตลอดกาล