มนุษย์ที่ถูกดัดแปลงพันธุกรรมให้เป็นนักฆ่าชั้นยอด สายลับ 47 ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อเป็นอาวุธสังหารที่ไร้ความปรานี เมื่อองค์กรลับที่ให้กำเนิดเขาต้องการกำจัดพยานสำคัญ 47 จึงถูกส่งตัวไปตามล่าหญิงสาวผู้มีปริศนาที่ซ่อนอยู่ในดีเอ็นเอของเธอ แต่กลับพบว่าเธอคือกุญแจสำคัญสู่ความจริงเกี่ยวกับอดีตของเขาเอง การตามล่าครั้งนี้จึงกลายเป็นสงครามระหว่างผู้สร้างกับสิ่งที่พวกเขาสร้างขึ้น เมื่อ 47 ต้องเลือกว่าจะเป็นเครื่องมือของระบบ หรือจะยืนหยัดเพื่อปกป้องชีวิตที่บริสุทธิ์
