ในโลกอนาคตที่รัฐบาลญี่ปุ่นสั่งเนรเทศสุนัขทั้งหมดไปอยู่บนเกาะขยะเพราะโรคระบาดลึกลับ เด็กชายอาตาริจึงออกเดินทางด้วยเครื่องบินลำเล็กเพื่อตามหาโกจิโตะ สุนัขคู่ใจของเขา เมื่อเครื่องบินตกบนเกาะ เขาได้พบกับฝูงสุนัขจรจัดที่นำโดยหัวหน้าเผ่าพันธุ์อัลฟ่า ซึ่งไม่ไว้ใจมนุษย์อีกต่อไป แต่ด้วยความมุ่งมั่นของอาตาริและความช่วยเหลือจากสุนัขบางตัว พวกเขาจึงร่วมกันผจญภัยข้ามเกาะขยะเพื่อค้นหาความจริงที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังการเนรเทศครั้งนี้
