โลกที่มนุษย์ต่างดาวอาศัยปะปนกับมนุษย์อย่างลับๆ หน่วยจารชนพิทักษ์จักรวาลหรือเมนอินแบล็คคือองค์กรที่คอยควบคุมและปกปิดการดำรงอยู่ของพวกเขา เจ้าหน้าที่เคย์มือเก๋าต้องรับมือกับเด็กหนุ่มปากร้ายอย่างเจย์ที่เพิ่งเข้าร่วมหน่วย ทั้งคู่ต้องหยุดยั้งแผนการของแมลงยักษ์ต่างดาวที่หมายจะทำลายล้างโลก การต่อสู้ด้วยอาวุธไฮเทคและมุขตลกสุดป่วนกำลังจะเริ่มขึ้น
