ในโลกที่ทุกอย่างถูกควบคุมด้วยระบบ เอลเลียต อัลด์สัน แฮ็กเกอร์หนุ่มผู้มีปัญหาทางจิต ต้องเผชิญหน้ากับผลลัพธ์จากการโค่นล้มองค์กรอีคอร์ปที่เขาก่อไว้ในซีซันแรก หลังถูกบังคับให้ใช้ชีวิตอย่างสงบและห่างไกลจากเทคโนโลยี เขากลับพบว่าภัยคุกคามใหม่กำลังคืบคลานเข้ามาในรูปแบบของกลุ่มแฮ็กเกอร์ลึกลับที่ชื่อ "ดาร์คอาร์มี่" ขณะเดียวกัน มิสเตอร์โรบ็อต บุคคลลึกลับที่อยู่ในหัวของเอลเลียต ก็เริ่มแสดงบทบาทที่รุนแรงและคาดเดาไม่ได้มากขึ้น การต่อสู้เพื่อควบคุมจิตใจของตัวเองและปกป้องคนที่เขารักจึงกลายเป็นเกมที่อันตรายกว่าที่เคย
