หลังทีม NCIS ยุคก่อตั้งต้องเผชิญหน้ากับศัตรูภายในองค์กรเอง ซีซันสองเปิดฉากด้วยการตามล่าฆาตกรต่อเนื่องที่ทิ้งร่องรอยไว้ในคดีเก่าที่ถูกปิดไปแล้วอย่างปริศนา ความสัมพันธ์ส่วนตัวของเหล่าสมาชิกทีมเริ่มสั่นคลอนเมื่อความจริงบางอย่างเกี่ยวกับอดีตถูกเปิดโปง ขณะที่การเมืองในวอชิงตันกดดันให้พวกเขาหาแพะมารับผิดแทนการค้นหาความจริง ทุกคนต้องเลือกระหว่างความภักดีต่อเพื่อนร่วมทีมกับความยุติธรรมที่พวกเขาสาบานจะปกป้อง
