สิบปีหลังสงครามทำลายล้างกับไคจู มนุษยชาติได้สร้างกองกำลังเยเกอร์รุ่นใหม่ขึ้นมาปกป้องโลก แต่เมื่อภัยคุกคามที่ชาญฉลาดและร้ายกาจกว่าเดิมปรากฏตัว เยเกอร์รุ่นเก๋าอย่างสแต็กเกอร์ พร้อมด้วยเด็กฝึกหัดรุ่นใหม่ที่ไร้ประสบการณ์ ต้องร่วมมือกันเพื่อหยุดยั้งแผนการทำลายล้างที่อาจทำให้มนุษย์สูญพันธุ์ การต่อสู้ครั้งนี้ไม่ใช่แค่การปกป้องโลก แต่คือการพิสูจน์ว่าเยเกอร์ยังคงเป็นความหวังสุดท้ายของมวลมนุษยชาติ
