เมื่อก็อดซิลล่าผงาดขึ้นจากทะเลอ่าวโตเกียว รัฐบาลญี่ปุ่นต้องเผชิญกับมหันตภัยที่ไม่มีใครคาดคิด สัตว์ประหลาดขนาดยักษ์ที่ปล่อยรังสีทำลายล้างและวิวัฒนาการตัวเองได้อย่างรวดเร็ว ข้าราชการและนักวิทยาศาสตร์ต้องร่วมมือกันอย่างเร่งด่วนเพื่อหาทางหยุดยั้งมัน ก่อนที่โตเกียวจะถูกทำลายสิ้นซาก การต่อสู้ครั้งนี้ไม่ใช่แค่กับสัตว์ประหลาด แต่กับระบบราชการที่เชื่องช้าและความไม่พร้อมของประเทศอีกด้วย
