คลาร์ก เคนท์ยังคงต่อสู้กับพลังที่เพิ่มขึ้นเรื่อยๆ พร้อมกับความลับที่ปกปิดจากคนรอบข้าง ในปีสองนี้ เขาต้องเผชิญหน้ากับศัตรูใหม่ที่มาจากนอกโลกและภัยคุกคามที่ซ่อนตัวอยู่ในสมอลล์วิลล์ ความสัมพันธ์กับลาน่าและโคลอี้เริ่มซับซ้อนขึ้น ขณะที่พ่อของเขามีเงื่อนงำเกี่ยวกับต้นกำเนิดของคลาร์ก การค้นพบห้องนิรภัยลึกลับใต้ฟาร์มเคนท์นำไปสู่ความจริงที่อาจเปลี่ยนชีวิตของทุกคนไปตลอดกาล
