เมื่อเต่านินจาสี่พี่น้องต้องเผชิญหน้ากับศัตรูตัวฉกาจอย่างชเรดเดอร์ที่กลับมาพร้อมแผนร้ายครั้งใหม่ พวกเขาก็ได้รู้ว่าโลกใต้ดินของนิวยอร์กกำลังเผชิญกับภัยคุกคามที่ใหญ่กว่าเดิม เมื่อนักวิทยาศาสตร์ผู้ชั่วร้ายอย่างแบ็กซ์เตอร์ สต็อคแมน และมนุษย์ต่างดาวนามว่าครัง ร่วมมือกันสร้างอาวุธทำลายล้าง เต่าทั้งสี่จึงต้องออกจากเงามืดเพื่อปกป้องเมืองที่พวกเขารัก โดยได้รับการช่วยเหลือจากเอพริล โอนีล และผู้กล้าที่สวมหน้ากากปริศนา การต่อสู้ครั้งนี้จะเปลี่ยนโฉมหน้าของทีมเต่านินจาไปตลอดกาล
