การต่อสู้ครั้งสุดท้ายของเหล่ามนุษย์กลายพันธุ์มาถึงเมื่อมนุษย์ค้นพบยาที่สามารถกำจัดพลังพิเศษได้ ศาสตราจารย์เอ็กซ์เวียร์ต้องการให้ทุกคนมีสิทธิ์เลือก แต่แม็กนีโตกลับมองว่ามันคือการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์และประกาศสงครามครั้งใหญ่ ฟีนิกซ์ผู้ทรงพลังที่ฟื้นคืนชีพกลับกลายเป็นอาวุธทำลายล้างสูงที่ทั้งสองฝ่ายต้องการครอบครอง โวล์ฟเวอรีนและทีมเอ็กซ์เม็นต้องตัดสินใจอย่างหนักระหว่างการปกป้องเพื่อนหรือการหยุดยั้งภัยพิบัติที่อาจล้างโลกมนุษย์
