ในยุคที่มิวแทนท์ถูกตามล่า เอ็นซาบาห์ นูร์ หรือที่รู้จักในนามอโพคาลิปส์ มิวแทนท์โบราณผู้ทรงพลังได้ตื่นขึ้นหลังถูกฝังใต้ทรายนับพันปี เขารวบรวมเหล่ามิวแทนท์จอมพลังทั้งสี่เพื่อล้างโลกและสร้างระเบียบใหม่ โปรเฟสเซอร์ เอ็กซ์ และแม็กนีโต้ต้องร่วมมือกันอีกครั้งเพื่อหยุดยั้งภัยพิบัติครั้งใหญ่ ขณะที่เหล่าเอ็กซ์เมนรุ่นใหม่ต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่แข็งแกร่งที่สุดเท่าที่เคยมีมา
